Este é mais um caso de vim e emacs expondo o que está acontecendo sob o capô. Quando não há permissões de gravação disponíveis para o arquivo, ele não está sendo editado no local. Em vez disso, o arquivo é totalmente substituído (já que isso depende das permissões do diretório, não das permissões de arquivo).
Para salvar um arquivo em emacs que não tenha permissões de gravação, você pode usar M-x toggle-read-only ou C-x C-q . Você poderá salvar suas modificações.