Exatamente a mesma coisa aconteceu comigo depois de atualizar do Pangolin Preciso para o Trusty Tahr. Eu investiguei e parece que /etc/vsftpd.conf , o arquivo de configuração do FTP, foi um dos arquivos de configuração alterados durante a atualização. Especificamente, esta linha:
write_enable=YES
que anteriormente eu não tinha comentado, foi agora comentado novamente. Eu descomentei isso, reiniciei o servidor FTP (sudo restart vsftpd) e de repente eu pude fazer o upload e alterar as permissões de arquivo novamente.