Você pode copiar facilmente os binários conforme mencionado na outra resposta ou pode usar o uupdate para construir um novo pacote debian a partir da fonte mais recente. É basicamente tão fácil quanto:
# apt-get build-dep ntp
# apt-get source ntp
# wget http://ntp.org/blah-src/ntp-version.tar.gz
# cd ntp-4.2.6.p5+dfsg
# uupdate ../ntp-version.tar.gz
# cd ../ntp-version
# dpkg-buildpackage -uc -us -nc
# dpkg -i ../ntp*.deb