Arquivos sob /usr devem estar sob o controle do gerenciador de pacotes (exceto para arquivos em /usr/local ). Arquivos de configuração que o administrador do sistema pode modificar ao vivo em /etc . Isso faz parte da estrutura de diretório unix tradicional e é codificado para o Linux no Padrão de Hierarquia do Sistema de Arquivos . A recomendação no Arch Wiki para editar arquivos em /usr é uma má ideia; o fato de que suas alterações são sobrescritas por uma atualização é esperado.
O Arch Linux gerencia arquivos de uma maneira um pouco fora do padrão. Você pode marcar o arquivo como não sendo alterado na atualização (isso está documentado no wiki) declarando-o em /etc/pacman.conf :
NoUpgrade = usr/share/config/kdm/Xsetup
Você pode substituir /usr/share/config/kdm/Xsetup por um link simbólico para um arquivo em /etc (por exemplo, /etc/kdm/Xsetup ), para facilitar o acompanhamento das personalizações feitas por você.