O que você quer dizer com "sistema de arquivos deve iniciar"? De qualquer forma, a melhor opção seria provavelmente esta:
-
Defina o que você deseja iniciar:
su alpha -c "/path/of/app parm1 parm2 &"
(defina o usuário apóssu
para efetuar login como tal e, em seguida, use&
para executá-lo em segundo plano). -
Adicione o comando ao seu
/etc/rc.conf
para que ele inicie na inicialização.