O que você quer dizer com "sistema de arquivos deve iniciar"? De qualquer forma, a melhor opção seria provavelmente esta:
-
Defina o que você deseja iniciar:
su alpha -c "/path/of/app parm1 parm2 &"(defina o usuário apóssupara efetuar login como tal e, em seguida, use¶ executá-lo em segundo plano). -
Adicione o comando ao seu
/etc/rc.confpara que ele inicie na inicialização.