Eu consegui executar uma máquina virtual no VMware usando as partições instaladas originais, mas apenas com o Linux como cliente (host do Windows) e não o contrário.
O problema é que a máquina virtual é significativamente diferente da máquina real, e o Windows é muito menos capaz de lidar com isso do que o Linux (o Android provavelmente é mais como o Linux a esse respeito).
Além dos drivers extras que devem ser instalados, seu servidor Windows pode reclamar sobre o fato de o sistema ter sido alterado tanto, que supõe que esta é uma nova máquina e você precisa de uma nova licença.
Se possível, sugiro que você execute o Kubuntu (e o Android) em uma VM no Windows Server, com as partições reais como unidades, que provavelmente é a maneira mais fácil.