Detectar janelas na área de trabalho atual e redimensioná-las pode ser feito usando wmctrl
Para listar todas as janelas que você pode usar:
wmctrl -l
Um exemplo rápido para redimensionar a janela ativa atual para um tamanho de 500 x 500 na posição 0 0 seria:
wmctrl -r :ACTIVE: -e 0,0,0,500,500
Por fim, se você deseja obter o tamanho de tela atual para ajudar com seu script de mosaico, ele é fornecido na saída de xdpyinfo