Primeiro instale o ecryptfs-utils (talvez já esteja instalado)
sudo apt-get install ecryptfs-utils
então inicialize no modo de recuperação e como root:
ecryptfs-migrate-home -u your_user_to_migrate
Depois que o script for executado, efetue logout e faça login como usuário.
exit
Você também pode executar:
ecryptfs-unwrap-passphrase
Digite sua senha de uso quando solicitado e salve as informações em um local seguro no caso de você precisar executar a recuperação de dados.
Por último, você pode excluir os arquivos / diretórios temporários criados pelo script de migração e reinicializar (tecnicamente, não é necessário reinicializar).