Este é um bug em algum lugar no kernel. Não está diretamente relacionado às alterações do rootfs / initramfs. Pode ser devido a alguma outra mudança que você fez (você usou as mesmas fontes, a mesma configuração, o mesmo compilador?), Ou pode estar relacionado a algum problema de tempo que revelou um bug latente.
Este aviso vem de handle_irq_event_percpu
e do manipulador de interrupções é para o controlador Atmel MMC . Provavelmente há um bug nesse código.
Mesmo que você não observe nenhuma consequência além do traço, esse tipo de aviso tende a indicar sérios problemas, que podem levar a dados corrompidos ou, pelo menos, a um travamento. A depuração não é trivial. Dado que este é um kernel bastante antigo, verifique se versões mais recentes deste driver possuem correções que poderiam ser relacionadas, e considere o uso de um kernel mais recente, se possível.