bson
não é json binário, é binário extended json. Portanto, a maneira apropriada seria usar um analisador json estendido para isso, que compreendesse e processasse adequadamente as informações extras.
Por outro lado, existe a consciência de que incompatibilidades com json podem produzir problemas e há pelo menos uma proposta para simplesmente acabar com com a informação extra e deixe a linguagem de programação interpretar o json lidar com isso (na esperança que possa).
Não sei quais são os outros benefícios da versão 2.6.3 de bsondump
. Você pode simplesmente copiar a versão antiga (próxima) para a nova instalação. Ou, alternativamente, corrija e compile a nova versão se houver outros recursos que justifiquem seu uso.