Essa página na wiki do Emacs recomenda a execução do Emacs como usuário de um script de inicialização. Não é para isso que os scripts de inicialização foram criados, por isso não me surpreendo que isso possa causar problemas.
Esqueça isso e inicie o daemon Emacs do seu .profile
ou do seu crontab. A maioria das implementações cron modernas (e em particular do Ubuntu) permitem a sintaxe
@crontab emacs --daemon
Ou você pode iniciar o Emacs no primeiro uso, invocando
emacsclient -a ''
A estrutura de gerenciamento de serviços não é útil para gerenciar o Emacs.