Você tentou instalar o grub2 ou o grub 0.9X no seu drive USB? Isso sempre funciona para mim. (SSK / Kingston USB stick + Thinkpad laptop, a chave USB é inicializada no modo HDD)
Após a instalação, você também precisará converter isolinux configuration para a configuração compatível com o grub, o que é muito fácil de fazer.
O arquivo de configuração isolinux é geralmente chamado de text.cfg ou menu.cfg , na pasta isolinux da imagem iso. (Basta ler todos eles para descobrir, não tenho uma imagem do Fedora à mão)
Então você pode copiar todo o resto no seu stick, squashfs, kernel e initrd, etc.