Em / etc / fstab, modifique a linha que monta a partição do Windows e defina-a como somente leitura (ro). Seu arquivo fstab será diferente, mas uma linha como esta pode parecer:
/dev/sda3 /mnt/windows ntfs defaults,ro 0 0
Você também pode fazer / boot somente leitura (exceto ao fazer upgrades do sistema). Você pode fazer o mesmo para / depois de migrar / tmp e / var para uma partição de leitura / gravação e lidar com alguns outros arquivos dispersos. Instruções com todos os detalhes para a montagem de /
somente leitura em um sistema similar ao Debian são aqui .
Se você estiver usando ext3 ou similar, também poderá definir o bit imutável para os arquivos que deseja proteger: consulte man chattr
. (Remova este bit dos arquivos do sistema ao fazer atualizações do sistema.)
Você mencionou fazer backups de dados do Linux. Você deve ter duas cópias, uma local e outra remota, para lidar com incêndio, roubo, etc.
Eu também uso a abordagem de controle de versão do @ FaheemMitha para um repositório remoto em arquivos de trabalho importantes.