Não existe uma localização pré-determinada ou mesmo globalmente preferida. O analógico mais próximo que eu conheço seria a árvore /usr/src
no Red Hat Enterprise Linux e derivativos, mas a maioria dos aplicativos que você compila são projetados para serem desenrolados em seus próprios diretórios, compilados como um usuário não privilegiado e somente então instalados com privilégios de root.