Isso pode não ser um problema sério, veja aqui :
The yum message "Warning: RPMDB altered outside of yum." [...] means some application has altered the rpm database (installed or removed a package) without going through the Yum APIs. This is almost always due to someone using rpm directly (Ie. rpm -ivh blah.rpm), but another possibility is an application built on top of the rpm APIs (Ie. smart, apt, zypp).
Então pode ter sido algo que você fez inadvertidamente, ou algum software fez. Espero que não seja um grande problema e possa ser resolvido com:
yum clean all
Dê uma olhada em OPÇÕES DE LIMPEZA em man yum
para entender o que isso faz. Basicamente, ele elimina todos os dados em cache localmente relacionados ao RPMDB; normalmente isso é usado para acelerar as transações, então da próxima vez que você executar o yum, ele provavelmente demorará um pouco mais porque ele precisa substituir os dados (corrompidos) que você acabou de limpar.