Em vez de executá-los como dois comandos separados, você pode executá-los em uma linha de comando da seguinte forma:
$ ffmpeg -i input.avi -pass 1 -an output.mp4 && \
ffmpeg -i input.avi -pass 2 -ab 128k -y output.mp4
A diferença é a notação &&
que executará o segundo comando (a segunda passagem) somente se o primeiro comando for bem-sucedido. Eles ainda são duas operações separadas, mas isso permitirá que você execute uma linha de comando contra as duas que você estava tendo que fazer anteriormente.
Além disso, você terá o benefício de executar o 2º passe imediatamente após a conclusão do 1º passe, onde com o seu caminho você teria que esperar essencialmente que o 1º terminasse antes de iniciar o 2º.