Tudo bem, encontrei uma resposta para o meu problema. Um pouco de solução, mas funciona para mim:
Eu adicionei um parâmetro ao startx para determinar o terminal virtual:
startx /home/pi/scripts/autostart -- :0 vt8
e vt7 para o outro script.
Então eu mudei o terminal visível com o comando chvt 8
como o último comando em 'wlanconfig', para que eu pule para a tela da direita, mesmo que o errado tenha sido inicializado.