Esses são arquivos intermediários que o sistema cria e remove (pode ser criado antes de rsync iniciado). O primeiro rsync demora muito, o que acontece frequentemente entre o início e o fim.
Você não perderia nada vital (já que ele foi embora), mas faça outro rsync -a <from> <to> depois e isso deve ser executado muito mais rápido, não dando muito tempo ao sistema para (criar e) remover arquivos durante o rsync .