Bem, é possível que um bootloader de um HD execute o sistema operacional de outro HD (se não me engano, o computador da minha irmã costumava executar o bootloader WinXP a partir de um HD e carregar a instalação do XP de outro) .
Mas você provavelmente precisará do gerenciador de inicialização Linux (GRUB) para executar o Windows configurando o GRUB. Isso significa que você ainda terá que transformar seu HD de 1 TB no principal dispositivo de inicialização do BIOS. Quando você inicializar o computador, o BIOS iniciará o GRUB e o GRUB poderá apresentar um menu perguntando se você gostaria de executar o Linux ou o Windows, se você configurá-lo para fazer isso. Aqui é um exemplo de como configurar o GRUB para criar esse menu. Aqui há um bom conjunto de links para tutoriais do GRUB (experimente o Dedoimedo, eu gosto disso) e documentação. Para configurar o GRUB, você terá que executar o Linux a partir do seu HD de 1TB.
Na verdade, se você precisar rodar o Linux apenas uma vez, acho que mudar um dispositivo de inicialização na BIOS é muito menos problemático do que alterar o GRUB. Se você precisar de uma inicialização alternativa permanentemente, é melhor configurar o GRUB para mostrar o menu.
Além disso, observe que há duas versões do GRUB agora, o GRUB1, também chamado de Legacy GRUB (algo como o GRUB 0.97 é GRUB1) e o GRUB2. Seus arquivos de configuração são diferentes, portanto, verifique qual GRUB seu Linux está usando primeiro.