Atualizar um único pacote geralmente não é um problema. A atualização de libc será . Existem muitos outros pacotes que dependem disso:
$ apt-cache rdepends libc6 |wc
16057
Isso significa que 16057 outros pacotes dependerão de libc6 e alguns deles estão fadados a ter problemas com a nova versão. Esse é um dos principais benefícios de um sistema de embalagem.
Então, você não quer atualizar isso sem atualizar o resto do seu sistema. O que você poderia fazer é criar um ambiente chroot e instalar uma distribuição mínima lá. Para detalhes sobre como fazer isso, dê uma olhada nas respostas do @Gilles aqui: