O que você precisa fazer é quando instalar, você escolhe "Algo mais" quando se trata de fazer a partição, já que você não quer usar o disco inteiro. Basicamente, você fará suas partições manualmente.
Quando você faz sua partição: Monte seu 16Gb como /
Monte cerca de 4 Gb da sua partição de 100 Gb como Swap
Monte os 96 Gb restantes dessa partição de 100 Gb como / home
Normalmente, 16 GB é mais que suficiente para um uso normal do Ubuntu. Agora, se você está planejando instalar A LOT (e quero dizer realmente MUITO) de software, jogos, etc, você pode adicionar outra partição no seu 100 Gb, que você irá montar como / usr. Eu não sugeriria que você fizesse isso, pois isso pode deixar seu sistema mais lento, já que todos os seus aplicativos estarão em um HD mecânico. Para se ter uma ideia, minha partição / é apenas 20Gb, e é mais que suficiente, já que uso em torno de 10Gb, e tenho muitos softwares e jogos instalados.