Se backupfolder contiver apenas os diretórios que você deseja restaurar, restaure o backupfolder em si.
rsync -a /path/to/backupfolder/ .
Observe o / no final do primeiro argumento, caso contrário, os diretórios serão restaurados como subdiretórios.
Para incluir apenas determinados subdiretórios, use um filtro.
rsync -a --include='/folder1' --include='/folder2' --exclude='/*' /path/to/backupfolder/ .