Eu ofereço a você parte da solução. Isso é um pouco demais para fazer em uma única pergunta.
Com o Wine, você pode usar prefixos, WINEPREFIX
, para controlar onde os aplicativos são instalados e executados. Assim, você pode isolar cada aplicativo em seus próprios "silos" ou manter um casal em um silo. Organize como achar melhor.
NOTA: Um prefixo é amplamente independente da versão do Wine usada.
Exemplo
Os aplicativos do meu gerenciador podem ir em seu próprio diretório, /opt/mywinery
.
$ WINEPREFIX=/opt/mywinery wine /path/to/installer.exe