Algum tempo eclipse tem esse problema, se a configuração for interrompida.
Você deve excluir (depois de salvá-lo em algum lugar) seu espaço de trabalho e excluir a configuração do eclipse $HOME/.eclipse/
.
Depois disso, você deve usar uma nova instalação do eclipse sem nenhum plug-in extra .
(Nota: Eu prefiro não usar os pacotes Debian-eclipse. Em vez disso você deve usar o do eclipse.org)