Esse é o comportamento esperado: este menu apenas altera as opções para a instância atual do Emacs. O menu Opções fornece principalmente acesso rápido a algumas opções que as pessoas normalmente alteram no meio da sessão.
Para fazer alterações permanentes, abra a interface Personalizar no menu Opções. Vá para “Emacs” (o diálogo de personalização de nível superior), depois “Faces”, depois “Basic Faces”, e configure o item “Default face”. (Isto é para o Emacs 23, não verifiquei se o Emacs 24 tem a mesma estrutura.) Clique em “Set for current session” para testar e em “Save for future sessions” quando estiver satisfeito com os valores.