O conteúdo deste diretório deve ser automaticamente regenerado, contanto que o diretório exista. Eu tentei isso em uma VM Ubuntu. Primeiro deletei o diretório com sudo rm -r /var/cache/debconf , depois criei um novo diretório com sudo mkdir /var/cache/debconf .
apt-get e aptitude parecem funcionar bem depois disso, e o diretório é preenchido com novos arquivos.
Como sempre, é uma boa ideia fazer um backup ou copiar antes de fazer coisas como esta.
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Talvez isso possa ajudar você.