Após o comentário de @EvanTeitelman, examinei a saída na edição da pergunta, excluí o diretório inexistente, mas bloqueado, ~/.emacs.d
e agora funciona.
sudo rm -r ~/.emacs.d
Isto parece ser algo comum, pelo menos no Xubuntu. Eu notei outra instalação fazendo isso hoje. Então espero que isso ajude alguém.