Travessia de diretório pós-ordem é o que você quer, algoritmicamente.
Fazer isso no TCSH ou em qualquer outro shell provavelmente não será agradável.
Esta é uma ação única? Em caso afirmativo, imprima sua árvore como você fez com os novos nomes, em um arquivo e reordene a lista manualmente para que os diretórios mais profundos sejam os primeiros e renomeie-os no script:
#!/bin/sh
mv d_7154/d_457/d_691/d_6056/d_11253/d_11254/d_11256 "d_7154/d_457/d_691/d_6056/d_11253/d_11254/Team Template"
mv d_7154/d_457/d_691/d_6056/d_11253/d_11254/d_11255 "d_7154/d_457/d_691/d_6056/d_11253/d_11254/General Templates"
mv d_7154/d_457/d_691/d_6056/d_11253/d_11254 "d_7154/d_457/d_691/d_6056/d_11253/Templates"
mv d_7154/d_457/d_691/d_705 "d_7154/d_457/d_691/Projects T to Z"
mv d_7154/d_7161/d_9247/d_8986 "d_7154/d_7161/d_9247/General Guidelines"
mv d_7154/d_7161/d_9247 "d_7154/d_7161/Flows & Methodologies"
mv d_7154/d_7161 "d_7154/Main Integration"
...
...