Crie um arquivo mylist.txt
com todos os arquivos que você deseja concatenar da seguinte forma:
# this is a comment
file '/path/to/file1'
file '/path/to/file2'
file '/path/to/file3'
Então você pode codificar seus arquivos com:
ffmpeg -f concat -i mylist.txt -c copy output
Editar: talvez seja necessário compilar ffmpeg
da fonte para obter uma versão recente suficiente.
Fonte: link