A mensagem de erro é bem clara. Alguns binários ainda estão usando símbolos (muito) antigos. Você precisa reconstruir os pacotes associados aos binários. A mensagem de erro fornece uma lista desses binários.
Agora você pode mapear o binário para um pacote com q file /bin/busybox
(você precisa do app-portage / portage-utils para o comando q
).
user@host # q file /usr/bin/q
app-portage/portage-utils (/usr/bin/q)
Agora surja o pacote: emerge -1 app-portage/portage-utils