Aqui está uma solução de trabalho:
function putOnSG() {
uuid='uuidgen'
if [[ -d $1 ]]; then du -sh "$1";
scp -rv "$1" shiny:/Volumes/Seagate3To/\"$1\".$uuid
else echo $1 "is not a directory. Not copying.";
fi;
}
As únicas diferenças com a minha solução inicial que não funciona são as barras invertidas em torno das aspas no segundo argumento do scp.