WINE_PREFIXES pode controlar a primeira parte do WINEPREFIX usado ... Para evitar que ele crie subdiretórios, use WINETRICKS_OPT_SHAREDPREFIX=1
Então:
WINETRICKS_OPT_SHAREDPREFIX=1 winetricks bleh
Parece que essa variável também é definida pela opção --no-isolate para winetricks.