Se você criar um novo arquivo enquanto cp estiver em operação, é provável que ele não seja selecionado. Isso pode depender da implementação cp : alguns reúnem uma lista de arquivos quando são iniciados, outros fazem isso por partes. Se for uma cópia recursiva, todas as implementações de cp que vi diretório de trabalho por diretório, portanto, se você adicionar o arquivo a um diretório que cp ainda não tenha percorrido, ele será copiado.
Se você adicionar um arquivo no meio do caminho e quiser copiá-lo, execute rsync depois (depois que a cópia estiver concluída e o novo arquivo estiver totalmente gravado). O Rsync irá copiar apenas o arquivo adicionado.
Você pode executar o rsync desde o início (use rsync -a para fazer uma cópia recursiva e preservar os metadados). O rsync pode fazer praticamente tudo que o cp pode fazer e muito mais, então você pode ignorar cp e sempre usar rsync se quiser (exceto em sistemas embarcados que não têm rsync ).