Eu estou achando que vários programas têm fontes minúsculas com o Fedora 16. O Google Chrome, por exemplo, tem fontes minúsculas nas abas. O MATLAB possui fontes minúsculas nos menus (Arquivo, Editar, etc.)
Eu tenho a opção de acessibilidade de "fonte maior", mas isso não afeta esses programas. No Windows, "fonte maior" melhora os tamanhos das fontes desses programas.
O que posso fazer sobre isso?
Se você estiver usando o GNOME 3 no fedora core 16, tente isto.
# yum install gnome-tweak-tool
Execute-o via terminal digitando gnome-tweak-tool ou pesquise no menu em "configuração avançada". Lá você pode alterar as configurações de fonte padrão para o que quiser. Funcionou para mim, espero que isso ajude você também.