Assumindo que você atualizou todos os patches, eu costumava ter esse problema até obter o kernel 3.1.2-1 funcionando agora.
Eu fiz uma nova instalação (não atualizei) do Fedora 16 logo após o lançamento. No entanto, nunca consegui desligá-lo completamente. Quando você o seleciona, posso ver que ele tenta desligar, mas não termina
Eu desliguei a inicialização silenciosa, então vejo principalmente o que o Linux está tentando fazer. IIRC geralmente a última linha é algo sobre desligar a imagem ao vivo, depois disso ela apenas trava.
Existe algo que eu possa fazer para que o Fedora seja desligado corretamente? Note que eu estou em um laptop Lenovo Thinkpad X220 se isso ajuda