Sugiro que você mude a casa do usuário para apontar para o diretório de destino. Você pode fazer isso editando /etc/passwd diretamente ou usermod --home NEW_HOME_DIR username (isso também copiará arquivos do anterior).
Atualização:
Quanto ao bloqueio, não há muitas opções além de uma chroot jail. Se você definir o shell de login como /bin/rbash , ele iniciará um shell restrito. Entre outras coisas, isso significa que cd não funcionará, nem os comandos que usam caminhos absolutos. Leia a página bash(1) man em RESTRICTED SHELL para mais detalhes.