Adivinhe: a nova versão foi instalada em /usr/local (em particular, instalou /usr/local/bin/qmake ), pois você não especificou um local. ( /usr/local é provavelmente o lugar certo.) O qmake fornecido pela distribuição está em /usr/bin/qmake . Seu shell em execução armazenou em cache as informações que qmake é /usr/bin/qmake . Execute hash qmake para atualizar seu cache. Uma nova instância do shell encontrará /usr/local/bin/qmake , contanto que /usr/local/bin esteja à frente de /usr/bin no $PATH (que deveria ser).