Ter crontab preparado para criar ou remover um arquivo em /var/lock/ e fazer com que o programa teste a existência desse arquivo. Se o arquivo existir, recuse-se a executar.
Observe que isso não impedirá que um usuário determinado e inteligente simplesmente copie o programa e o altere para ignorar o teste, mas, novamente, o uso de cron -scheduled chmod -x/+x não impedirá os usuários inteligentes ...