Use apt-mark
$ man apt-mark
...
manual
manual is used to mark a package as being manually installed, which will
prevent the package from being automatically removed if no other packages
depend on it.
Então
sudo apt-mark manual <package-name>
Agora, autoremove
não o removerá.
Para desfazer
sudo apt-mark auto <package-name>
Agora, autoremove
removerá o pacote se não for uma dependência de qualquer outro pacote.