Eu encontrei uma solução agora:
- Instale
gconf-editor
, se necessário - Abra
gconf-editor
("ConfigurationEditor" no menu) - Abra
/apps/nm-applet
no painel esquerdo - No painel à direita, desmarque
disable-vpn-notifications
(ou outras notificações)
Presumivelmente, outras notificações do Gnome 3 são semelhantes.
Espero que alguém mais conheça uma maneira mais amigável de fazer isso.