Eu encontrei uma solução agora:
- Instale
gconf-editor, se necessário - Abra
gconf-editor("ConfigurationEditor" no menu) - Abra
/apps/nm-appletno painel esquerdo - No painel à direita, desmarque
disable-vpn-notifications(ou outras notificações)
Presumivelmente, outras notificações do Gnome 3 são semelhantes.
Espero que alguém mais conheça uma maneira mais amigável de fazer isso.