Você pode reconfigurar um pacote usando dpkg-reconfigure package-name
.
Você pode reinstalar em distribuições baseadas no apt fazendo apt-get install --reinstall package-name
.
O front-end do Synaptic também permitirá a você reinstalar clicando com o botão direito do mouse no pacote e selecionando "Marcar para reinstalação".
Você pode instalar os pacotes baixados clicando duas vezes neles ou executando dpkg -i /path/to/package.deb
.