Há uma solicitação de recurso no bugzilla do Gnome pedindo uma maneira de fazer isso, então parece não é possível no momento. Por enquanto, o que você pode fazer é organizar todos os ícones que estão sempre visíveis à direita do painel e bloqueá-los (clique com o botão direito-> Bloquear no painel). Então, os ícones que podem desaparecer, pelo menos, não interrompem sua posição.