Eu recomendo que você use o comando "xrandr" para configurar a resolução e vários monitores. Atualmente o xorg.conf está no seu caminho para a morte, mais e mais distribuições Linux dependem do xrandr e elas tendem a ignorar o xorg.conf.
PS: Só para ficar claro, isso significa que você usa o xrander para configurar coisas diferentes para o seu monitor, mas você ainda usará o mesmo servidor X.org.
PPS: Ah ... e você usa o xrandr na hora, depois de ter o xorg iniciado e você tem uma interface gráfica. As alterações são aplicadas imediatamente, mas elas não são salvas, então se você estragar algo, uma reinicialização corrigirá seu problema. Depois de terminar sua configuração, basta colocar todos os comandos xrandr em um arquivo, torná-lo executável e adicioná-lo à inicialização do seu DE.
EDIT (como solicitado;)):
- página de documentação xrandr: link
- uma versão online do 'man xrandr': link