Você pode usar pkexec para executar um aplicativo GUI como root.
$ pkexec gparted
Ou:
$ pkexec bash
# gparted
pkexec usa o PolicyKit para autorização, portanto, talvez seja necessário implementar um PolicyKit para permitir que o usuário execute comandos usando pkexec . Consulte a página de manual para obter mais detalhes sobre autorização.