Se você quer o conselho mais geral, é que instalar o meta-pacote para mais de um ambiente de desktop pode ter efeitos bastante estranhos, e você pode limpar a bagunça :-P. Existem algumas boas razões pelas quais o Ubuntu e o Fedora têm sabores / spins, ou seja, diferentes discos de instalação do SO para diferentes ambientes de desktop.
É claro que se você encontrar uma solução limpa, ou o efeito estranho que encontrar for perigoso o suficiente, você também pode reportar um bug e esperar que o Debian resolva o conflito.
O documento para clipit --daemon (que é iniciado automaticamente) diz que é usado "para manter sua área de transferência e conteúdo principal seguros". Há várias coisas que você pode imaginar isso. No entanto, eu espero pelo menos um dos problemas que ele resolve, é o problema que a área de transferência do X para copiar / colar é efetivamente perdida quando você fecha o aplicativo do qual você copiou. Talvez o Debian LXDE espere que você deseje algo para preservar o conteúdo da área de transferência no LXDE.
A área de trabalho do GNOME já fornece esse recurso. Eu aconselho não executar clipit --daemon ou equivalente em uma sessão do GNOME, caso eles estejam em conflito. Talvez você tenha encontrado tal conflito. (Embora você não diga explicitamente se você tem o mesmo problema no LXDE também?)
(Pelo menos, acho que o GNOME fornece um gerenciador de área de transferência que funciona para o X Windows. Alguns detalhes são mencionados neste documento antigo do Ubuntu Parece haver um problema que isso faz não funciona quando você usa aplicativos Wayland nativos e o GNOME com o Wayland).
O problema é que clipit não faz parte do LXDE especificamente. Parece plausível que você possa instalá-lo porque deseja usá-lo em um ambiente que não seja o LXDE, mas também suporta o início automático. (?) Isso pode justificar clipit.deb fornecendo /etc/xdg/autostart/clipit.desktop ou algo parecido, para iniciar automaticamente o clipit em qualquer ambiente de desktop. Ou talvez o empacotador tenha achado que as alternativas foram inconvenientes, ou seja, criar um fragmento lxde-clipit-autostart.deb ou colocar uma autoinicialização específica do LXDE dentro da especificação específica não LXDE clipit.deb .
Alguns arquivos autostart .desktop incluem uma linha como NotShowIn=GNOME;Unity; . Ou eles podem usar uma linha OnlyShowIn= . Se eles não tiverem uma linha específica como essa, o início automático será iniciado em todos os ambientes de área de trabalho que suportam a inicialização automática.
Você pode testar a adição de NotShowIn=GNOME a clipit.desktop . Se funcionar, você poderia propor esta solução para clipit.deb , em um relatório de bug. Eu não acho que esta é uma solução totalmente geral. Uma área de trabalho leve diferente poderia extrair uma inicialização automática do diferente gerenciador da área de transferência genérico. Portanto, pode ser discutível se isso, ou qualquer outra solução, poderia ser aceito como uma mudança para clipit.deb .