As impressoras instaladas são armazenadas em /etc/cups/printers.conf
e seus drivers em /etc/cups/ppd/*.ppd
.
Não sei se há uma maneira de dizer aos xícaras para armazenar a configuração da impressora em outro local, mas você pode fazer o backup desses arquivos antes da reinstalação:
sudo service cups stop
mkdir ~/cups-bkp
sudo cp -a /etc/cups/printers.conf /etc/cups/ppd/ ~/cups-bkp/
sudo service cups start
E restaure-os após a reinstalação:
sudo service cups stop
sudo cp -a ~/cups-bkp/* /etc/cups/
sudo service cups start