Experimente os seguintes passos:
- abre o terminal
- digite
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade
- digite
nano /etc/apt/sources.list
-
cole as linhas do repositório que você mencionou na sua pergunta junto com as seguintes linhas nesse terminal:
deb-src http://http.kali.org/kali kali main non-free contrib deb http://http.kali.org/kali kali-dev main contrib non-free
-
carregue em Ctrl + X e depois em Ctrl + Y e depois em Enter
- digite
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade
- digite
sudo apt-get install software-center
você também pode instalar o synaptic que é o gerenciador de pacotes do Debian kali Linux. Também é como um centro de software
apt-get install synaptic
Eu acho que o problema ocorreu porque talvez não tenha atualizado seu kali (atualizado somente)