No caso específico do VirtualBox, é seguro apagar e instalar novamente (por exemplo):
# rpm --erase VirtualBox-5.1-5.1.28_117968_el6-1.i686
# rpm --install VirtualBox-5.2-5.2.18_124319_el6-1.i686.rpm
Como mencionado acima, isso é causado pela inclusão do número da versão dentro do nome do pacote, portanto, o RPM não consegue descobrir que eles são realmente o mesmo pacote (possivelmente uma má decisão de empacotamento da Oracle).
# rpm -q -i VirtualBox
package VirtualBox is not installed
À primeira vista, isso parece confuso, mas o número da versão é obrigatório porque foi feito parte do nome do pacote.
# rpm -q -i VirtualBox-5.2
Name : VirtualBox-5.2 Relocations: (not relocatable)
Version : 5.2.18_124319_el6 Vendor: Oracle Corporation
Release : 1 Build Date: Tue 14 Aug 2018 01:15:57 PM GMT
Install Date: Sun 30 Sep 2018 04:45:04 AM GMT Build Host: tinderlin4.de.oracle.com
Group : Applications/System Source RPM: VirtualBox-5.2-5.2.18_124319_el6-1.src.rpm
Size : 176286250 License: GPLv2
Signature : DSA/SHA1, Tue 14 Aug 2018 04:06:58 PM GMT, Key ID 54422a4b98ab5139
URL : http://www.virtualbox.org/
Summary : Oracle VM VirtualBox
Description :
VirtualBox is a powerful PC virtualization solution allowing
you to run a wide range of PC operating systems on your Linux
system. This includes Windows, Linux, FreeBSD, DOS, OpenBSD
and others. VirtualBox comes with a broad feature set and
excellent performance, making it the premier virtualization
software solution on the market.