Acho que a compilação do kernel espera os arquivos signing_key. * no diretório base da árvore de origem do kernel e não sob um subdiretório "certs". O processo de compilação deve assinar automaticamente os módulos padrão para você; somente módulos de terceiros devem precisar de assinatura manual.
Além disso, meu script antigo para compilar um kernel 4.9. * com módulos assinados tinha o arquivo de certificado no formato DER. Talvez tenha sido necessário?
Nos kernels 4.14 e mais recentes, o procedimento é um pouco diferente: existe uma opção de configuração do kernel para especificar o nome do caminho do arquivo de certificado.