Não tenho certeza se entendi sua pergunta completamente, mas se você está trabalhando com sessões do tmux dentro de sessões do tmux, você tem que usar a sequência de chaves de ligação duas vezes, depois a tecla de comando.
Por exemplo, se você quisesse dividir a sessão do tmux aninhada em dois painéis, usaria Ctrl + b , Ctrl + b , ", que assume que você tem a ligação de chave padrão.